本书共计六卷，包括“源集”两卷，“流集”四卷，末附“伤寒源流药方”240余首。“源集”是以六经为纲为本源，下分细目，详析各经之循行路线、主证、主脉；“流集”是以六经病证中的各单个症状为流，详述各症之经络归属、表里浅深、施治主方、转归进退、鉴别诊断等，并对“六经支证”(六经杂互之病)及《金匮要略》中的常见杂证进行了编次整理。其主要内容大致如下：

1、“源”分六经

陶氏《伤寒源流全集》将六经病证称为源，以六经为本源。其卷一、卷二为“源集”。卷一“六经证治”共列“太阳经、阳明经、少阳经”三经证治，卷二列“太阴经、少阴经、厥阴经”三经证治。叙次为六经标本、传变、并合、在经、越经与汗吐下后诸证之源，以六经为纲，下分细目，各经之经络循行、主症、主脉，条目清晰。

陶氏指出，太阳经者，“足膀胱壬寒水也”，“其标热，其本寒”，太阳经“专主表，是一身之纲维，为诸阳之主气，四通八达，贯五脏六腑之俞，邪从此入，受病为先，故多传变”；而阳明经者，“足胃戊土也”，“其标温，其本燥”，阴明经“专主里，纲维于身，为中州之主，无所不受，六经之邪，皆能入之”，但入谓之入府，入府不复再传矣”；少阳经者，“足胆甲风木也”，以“后有太阳专主于表，前有阳明专主乎里，此在表里之间，故曰不从标本，从乎中治也”，而少阳经“主经营百节，流气三部”，其为病有自受者，亦有传变者，因其外有太阳，内有阳明，里有三阴，为病亦多传变。

陶氏指出，太阴为“足脾己湿土”，为“三阴之首，主管四末”，其发病“当分直中，传经受病，寒热之异。凡病从阳经发者，为外感风寒，邪从表入，则太阳先受之；病自阴经起者，为内伤生冷，饮食过多，则太阴先受之”。少阴为“足肾癸水”，“与足膀胱同位北方”，凡“冬时寒令，非时寒气，二经最易感触”，“其间表里相配，多兼化相通之理，故自风邪直入与直中阴寒而外，传经变症颇繁”；厥阴为“足肝乙木”，“在六经之后，两阴交尽，穷传变之机缄，还接太阳，复营卫之生气。阴阳顺逆，消息最微”。

陶氏对六经病、脉、传变、合病、并病、在经、越经与汗吐下后诸证论述颇详，使学者一目了然。其论一本成无己之说，主张“风伤卫，寒伤荣”之说，认为“太阳中风，阳浮而阴弱”，“阳脉浮者卫中风也，阴脉弱者荣气虚也”，为“荣弱卫强”；“太阳病，头痛发热，身疼腰痛，骨节疼痛，恶风，无汗而喘”，为“寒伤荣也，寒并于荣，则荣中邪实而卫虚，故无汗而恶风也”，为“荣强卫弱”。陶氏认为麻黄汤为治太阳伤寒，桂枝汤治太阳中风，大青龙汤则为治风寒两伤营卫之方。若“太阳中风，脉浮紧”为“中风见寒”；“太阳伤寒，脉浮缓”则为“伤寒见风”，两者均可为“荣卫两伤”，俱可以大青龙汤主之。而且还指出伤寒见风，“身不疼痛，无少阴证者”，尤可以“九味羌活汤加石膏、知母、枳壳”治之，此等论述，较适合临床实用。

陶氏论阳明病分为阳明中风、阳明伤寒、阳明本经病、阳明合病、阳明并病及其他阳明之病。“阳明病，脉迟，汗出多，微恶寒者”，为“阳明中风”，治宜桂枝汤；“阳明病，脉浮无汗而喘者”，为“阳明伤寒”，治宜麻黄汤。而“阳明中风”有“在经在里在半表里”之别。若“中风脉浮弦并见，则表里俱为有邪”；“短气、腹满、胁下及心痛，为风热内壅”；“阳明病，不得卧，自汗出，邪在表”，“不得汗而嗜卧，是风热内攻”；“耳肿者”是“风热在经”；“若外不解，虽达十日，脉续浮者，邪犹在半表半里”。

2、“流”辨各证

陶氏《伤寒源流全集》将六经病证中的各单个症状称为流。《伤寒源流全集》卷三至卷六为“流集”。其中卷三、卷四为六经各证治分条，对各症经络归属、表里浅深、施治主方，各症之脉象、机理、虚实寒热、转归进退、鉴别诊断等，均详细阐述，使学者于杂互诸证之中，了然易辨，在施治之时不致有毫厘千里之判。卷三计有发热、恶寒、恶风、头痛、项强、身痛、潮热、自汗、盗汗、头汗、手足汗、无汗、不得汗、不大便、不得卧、渴诸症，卷四计有谵语、发狂、循衣摸床、呕吐、口苦咽干、眩、往来寒热、胸胁满痛、结胸、藏结、痞、胁满痛诸证、耳聋、腹满、腹痛、发黄、但欲寐、咽痛、吐利霍乱、下利诸症。每症均首列总论，叙述该症经络归属，虚实寒热，施治方法。

如发热，陶氏认为“寒热诸病，惟发热一症，头绪最繁。故注宜详”。其列有发热总论、阳经发热、阴经发热、汗后发热、下后发热、血证发热等各数条。在“发热总论”中指出，“伤寒发热，谓无休止时也”，与潮热不同，与寒热也不同，临证之时宜详辨之。又云：“若发热不恶寒而渴者，为温病。发汗已，身体灼热者，为风温。若初发热，手或微厥，下利清谷，此为阴症也。头疼发热，身不疼痛者，伤食证也。不恶寒，身不痛，头不疼，脉不紧，但烦热者，虚烦也。”对于发热症的表里之分，陶氏指出:“翕翕发热者，谓如合羽所覆，明其热之在表也。蒸蒸发热者，谓若熏蒸之蒸，明其热之在里也。”对发热症的治疗，陶氏指出在表者宜汗之，在里者宜下之，在半表半里者宜和解之。“其在少阴厥阴发热者，谓之反发热，温经救里，各有治条。惟太阴无发热之症。”陶氏把伤寒六经病证中见有发热症的，总结归纳为阳经发热、阴经发热、汗后发热、下后发热、血证发热诸项，各项之下再细列诸条，从症、脉、辨证、治法、处方，相互对照，条分缕析，以供读者能明辨治法，临床之时能明确诊断，方药中病，这较前人诠注又更进一筹。

卷五为“六经支证”。所谓“支证”，即“六经杂互之病”，亦即六经病中均可见到之证。之所以不烦重复专列一篇，陶氏指出，目的在于“欲令于杂互诸证疑似淆惑之中，取以参辨，则病情所属，可以确断而施治不致有毫厘千里之判矣。”计有“喘、气短”，“短气”，“烦、烦躁、懊”，“小便不利、小便难”，“小便自利，小便数”，“发斑”，“哕”，“吐血、便脓血”，“动气”等症。其例亦仿卷三与卷四，先列总述，再条分各症之证治，条理分明。这些症状六经病均可见之，但其辨证施治则异。如对“喘”的辨析，陶氏指出：“肺主气，形寒饮冷则伤肺，故其气逆而上行，形于病则张口抬肩，摇身滚肚，是为喘也。”而导致喘证的病因、病位、病性均有差异，既有邪在表致气不利而喘者，有水射肺而喘者，发汗后饮水而喘者，热而以水灌之亦喘者，心下有水气、干呕、发热、咳而喘者，喘而汗出者，汗出而喘者，阴寒虚喘者，治逆而喘者等等。治疗时，病在阳经须审发表攻里之宜，病在阴经惟温里以救肺之急症，各症再结合六经辨证而罗列主治之方，并且对各种严重的喘证指出预后不良。

卷六则是对《金匮要略》中常见杂病证治进行编撰整理，计有气上冲总论、厥总论、少腹满囊缩、阴毒、两感病、百合病、狐惑、差后劳复诸症与阴阳易、温病详辨、痉湿暍病别篇。该卷体例亦同卷三、卷四，先概说，次列各症治方，并作以注解。如“气上冲心总论”下条分为胸中痞硬气上冲、奔豚气上冲、阴阳易气上冲、口噤不得语气上冲、烧针处被寒气上冲、汗吐下气上冲各症，每症下可见数条，相互鉴别，各有治法，使学者无混淆之惑。另附有“气上冲心饥不欲食吐蛔”辨治之法。

3、附集各方

陶氏《伤寒源流全集》最后一部分为“伤寒源流药方”。陶氏在前六卷诸症主治之下，参合历代医家所叙，除收集王叔和整理《伤寒论》113方外，还收集了后代名家验方，共计240余方，使伤寒源流各症方药更为完备，也使得因病检书者不致无方可用。为便于学者稽览，陶氏按源流顺序将其所集方药，分为“源部证治方次”和“流部条分方次”收集整理，单列一卷附于书后。其中“源部证治方次”按在书中出现的先后顺序将“源集”一、二卷所收方顺次整理，而“流部条分方次”则按“流集”三、四、五、六卷所叙各条证治中所收方顺次整理，其中重复者则略之。关于《伤寒论》中原方诸药用量，陶氏认为“世有古今，时有春冬，地有南北，药有良犷，人有强弱，不可执一”，指出“原方传自汉时，动以斤计，或称升合，非今时所能遵用”。因此在所收集诸方时，“止载数目，不书铢两”，目的是“欲慧者览之，酌古准今，得以意会而不使粗工浅学，一视书本所开，妄施贻害也”。如麻黄汤，《伤寒论》载其用量为“麻黄去节、三两，桂枝二两，甘草炙一两，杏仁去皮尖，七十个”，陶氏载为“麻黄去节三，桂枝二，甘草炙一，杏仁去皮尖七十”，这样便于学者按时下所用常规剂量，按原方比例斟酌变化，不致墨守成规，拘泥古方。