其一，创立“戾气”病因学说。吴氏强调温疫与伤寒完全不同。他明确指出:“夫温疫之为病，非风、非寒、非暑、非湿，乃天地间别有一种异气所感。”这种异气，吴氏为之命名为“戾气”。戾气侵入人体的途径是自口鼻而入。传播的方式有两种:有天受—通过自然环境而感染，有传染—通过接触患者而感染。此二者只是传播方式的不同，只要感染的是同一种戾气，那么“所感虽殊，其病则一”。戾气具有多样—为病各种、特适—某气专人某脏腑经络专发为某病、偏中—其气各异，所伤不同等特点，同时还具有传染与流行的特点。吴氏认为，“气者，物之变也”，因此，他设想最为理想的治疗是特效治疗，“能知以物制气，一病只有一药，药到病已，不烦君臣佐使、品味加减之劳。”在当时的条件下，吴氏也是苦于此气“无象可见，况无声无臭”，“其来无时，其着无方”，“何能得睹得闻?人恶得而知是气?”但他的这种设想是具有超前意识的科学设想。

其二，创立表里九传辨证论治思维模式。这一辨证模式是围绕“驱邪外出”这样一个中心展开的。吴氏认为伤寒中脉络，因表入里。温疫之气从口鼻而入，初起则邪伏膜原，在不表不里之间。创制达原饮以疏利膜原，溃散邪气。邪溃之后，可能出表，越于三经，可汗而已;也可能达里，内传于胃，可下而解。治疗上的特点是“注意逐邪勿拘结粪”、“下不厌早”、“下不以数计”。温疫后期可能有顺、逆两种情况。顺者，表里气相通，里邪下而去之，表邪或从战汗而解，或从癍出而化。逆者，则应根据邪正虚实的情况酌情论治。

温疫论原序

昔仲景立《伤寒论》，其始自太阳，传至阳明，以至少阳，次传三阴，盖为正伤寒设也。嗣后论者纷纷，皆以正伤寒为辞，其于温疫之证甚略。是以医者，所记所诵，连篇累犊，俱系正伤寒。迨夫临症所见，悉见温疫，求其所谓正伤寒者，百无一二。予即按诸书，咸以为春、夏、秋所发，皆属温病，而伤寒必在冬时。则历年较之，温疫四时皆有，而真正伤寒，每在严寒。虽有头疼、身痛、恶寒、无汗、发热，总之谓太阳证。至六七日失治，未常传经。每用发散之剂，一汗即解。间有不药亦自愈者，并未常因失汗，以致发黄、谵语、狂乱、胎刺等症。此皆感冒肤浅之病，非真伤寒也。伤寒、感冒，均系风寒，不无轻重之殊，究竟感冒俱多，伤寒希有。况温疫与伤寒，感受有霄壤之隔。今鹿马攸分，益见伤寒世所绝少。仲景以伤寒为急病，仓卒失治，多致伤生，因立论以济天下万世，用心可谓仁矣。然伤寒与温疫皆急病也，以病之少者，尚谆谆以告世，况温疫多于伤寒百倍，安忍置之勿论?或谓温疫一证，仲景原别有方论，历年既久，兵火湮没，即《伤寒论》称散亡之余，王叔和补方造论，辑成全书。则温疫之论，未必不由散亡也明矣。崇祯辛巳，疫气流行，感者甚多，于五六月益甚，或合门传染。其于始发之时，每见时师误以正伤寒法治之，未有不殆者。或病家误听七日当自愈，不尔，十四日必瘳，因而失治。尽有不及期而死者;亦有治之太晚服药不及而死者;或妄投药剂攻补失序而死者。或遇医家见解不到，心疑胆怯，以急病用缓药，虽不即受其害，究迁延而致死，比比皆是。感邪之轻者，有获侥幸;感邪之重者，而加以失治，枉死不可胜计。嗟乎!守古法则不合今病，舍今病而别搜古书，斯投剂不效，医者仿徨无措，病者日近危笃。病愈急，投医愈乱。不死于病，乃死于医;不死于医，乃死于古册之遗忘也。吁!千载以来，何生民之不幸如此。余虽孤陋，静心穷理，格其所感之气、所入之门、所抵之处，与夫传变之体，并平日所用历应验方法，详述于下，以俟高明者正之。

时崇祯壬午吴趋吴有性又可撰

自叙

夫温疫之为病，非风、非寒、非暑、非湿，乃天地间别有一种异气所感。其传有九，此治疫紧要关节。奈何自古迄今，从未有发明者。仲景虽有《伤寒论》，然其法始自太阳，或传阳明，或传少阳，或三阳竟自传胃。盖为外感风寒而设，故其传法与温疫自是迥别。嗣后论之者纷纷，不止数十家，皆以伤寒为辞。其于温疫证则甚略之。是以业医者所记所诵，连篇累牍俱系伤寒，及其临证，悉见温疫，求其真伤寒百无一二。不知屠龙之艺虽成而无所施，未免指鹿为马矣。余初按诸家，咸谓“春、夏、秋皆是温病，而伤寒必在冬时”。然历年较之，温疫四时皆有。及究伤寒，每至严寒，虽有头疼、身痛、恶寒、无汗、发热，总似太阳证，至六七日失治，未尝传经。每用发散之剂，一汗即解。间有不药亦自解者，并未尝因失汗以致发黄、谵语、狂乱、苔刺等证。此皆感冒肤浅之病，非真伤寒也。伤寒、感冒，均系风寒，不无轻重之殊。究竟感冒居多，伤寒希有。况温疫与伤寒，感受有霄壤之隔。今鹿马攸分，益见伤寒世所绝少。仲景以伤寒为急病，仓卒失治，多致伤生，因立论以济天下后世，用心可谓仁矣。然伤寒与温疫，均急病也。以病之少者，尚谆谆告世。至于温疫多于伤寒百倍，安忍反置勿论?或谓温疫之证，仲景原别有方论，历年既久，兵火湮没，即《伤寒论》乃称散亡之余，王叔和立方造论，谬称全书。温疫之论，未必不由散亡也明矣。崇祯辛巳，疫气流行，山东、浙省、南北两直，感者尤多，至五六月益甚，或至阖门传染。始发之际，时师误以伤寒法治之，未尝见其不殆也。或病家误听七日当自愈，不尔，十四日必瘳，因而失治。有不及期而死者;或有妄用峻剂，攻补失叙而死者。或遇医家见解不到，心疑胆怯，以急病用缓药，虽不即受其害，然迁延而致死者，比比皆是。所感轻者，尚获侥幸;感之重者，更加失治，枉死不可胜记。嗟乎!守古法不合今病，以今病简古书，原无明论，是以投剂不效，医者仿徨无措，病者日近危笃。病愈急，投药愈乱。不死于病，乃死于医;不死于医，乃死于圣经之遗亡也。吁!千载以来，何生民不幸如此。余虽固陋，静心穷理，格其所感之气、所入之门、所受之处，及其传变之体，并平日所用历验方法，详述于下，以俟高明者正之。

时崇祯壬午仲秋姑苏洞庭吴有性书于淡淡斋

徐序

……而已。于化工之口口口口口茫乎未有得也。故为学以治经为急，业医以《灵枢》、《素问》为急。顾轩岐而后，代不乏人。春秋之和也、缓也、扁鹊也，西汉之庆也、意也，东汉末之华佗也。是皆心通造化，出入鬼神，非学者所能思议。独长沙张仲景先生所著《伤寒》一书，为千万世立方之祖。愚尝谓仲景之伤寒，实与《灵枢》、《素问》相表里，学者不可以不读。自是而后，医学判为两途，有专主于凉者，有专主于温者。刘河间著《原病式》，以为天下之病皆起于湿热，大意在扶阴以抑阳。承其绪者，有朱丹溪、汪石山、缪仲醇之学。李东垣著《脾胃论》，以为天下之病皆起于内伤，立补中益气汤以为后天生化之本，大意在扶阳以益阴。承其绪者，有薛立斋、张景岳、陆养愚、赵养葵之学。而戴原礼、万密斋则又参用二家，未尝有所偏重。要皆于《灵枢》、《素问》之旨并行不悖者也。家君遂生先生，博极群书，而尤邃医学。当景岳下世之后，其所著《类经》，时人未之奇也。家君得而读之，叹其批隙导窍，为王、马二家之注所未及，数数为人道之。由是《类经》之书满天下，家君表章之力为多。景岳之书，其未刻者尚有《传忠录》、《妇人规》、《本草正》、《古方八阵》、《新方八阵》数种。家君多方购求，尽得其书，时欲刻之以公天下。而鸳湖石子临初，攻于医理，与家君有水乳之合，盖亦读景岳书而深有得焉者也。石子旧游京师，其道为公卿大夫之所重。未久而归。戊辰，予入长安，会石子亦再至都下，欢然相见。讨古衡文之暇，相与极论医学之源流，深慨轩岐之绪不绝如线，而黄石斋先生所谓“京师如海，独无医者”，斯言为信而有征也。庚午之岁，温证大行，时医不解治法，多致危殆。石子悯之，于是以吴君《瘟疫方论》二卷，手授坊客，俾刻之以传，其嘉惠天下之意不少。然而吴君之论，专以丹溪、河间为宗，与东垣、立斋若水火冰炭之不相入。盖就温疫之一证论之，非谓可概施于他证也。且温疫一证，亦有内伤、外感之不同，有本热而假寒，有本寒而假热，非可专投栀、柏，纯用芩、连。若此者，吴君尚未之及，则其于《灵枢》、《素问》之旨，合乎?否乎?其所得于前贤之绪论者，深乎?浅乎?考吴君在日，与景岳、养愚辈同为崇祯朝人。而景岳之序《类经》也，至谓“丹溪之道不熄岐黄之道不著”—立说未免稍过。然使吴君所论，得令景岳见之必有操戈相向者矣是在有道者详审而论定之，予未敢以轻议也。吴君名有性，字又可，明季之姑苏人。

时康熙辛未闰秋日 甬江徐文驹子文题于长安书屋

叙言

上古论病，有风寒湿暑之名，乃有非风寒湿暑，感两间之杂气而得病者，此名疫也。然自来名医辈出，鲜不以为闲病而忽之，此名疫也。具区吴又可先生，原本儒术，深求乎天人性命之故，而因肆力于医，于方书无所不窥。既学之有年而出行之也，又济以诚心恻怛。适当明季，疫气盛行。所见之证，皆不合故方，于是益殚精毕虑，心参造化，体验人情，变化神明，独得其妙，著为是论，颜曰《温疫》。崇祯壬午刊刻行世，其版寻为兵火所焚。即有遗书数帙，复为人庋而不观，深可痛惜。余近岁以先君子抱疴，时求治于四方国手，因购此书，而都无有藏者。一日偶过朱震谷表侄案头，获睹是本，授而读之。其洞达病情及疏利肠胃等论，虽圣人复起，不易其言。因起而谓震谷曰:知先生者，实可活人矣。若家长沙公为外感风寒而作《伤寒论》，有三百九十七法，一百一十三方，条分缕晰，允推后世之师。今先生因内触邪气而著《温疫论》，于中立九传之法，又补前人所未逮。盖伤寒之与温疫，证相似而实不同。世医不辨病之为外感、为内触，遇疫证群目为伤寒，其有不杀人也者几希。嗟嗟夫!正伤寒有几哉?大抵皆温疫耳。今岁甲戌，时证流行。或家一二人，或家数人，甚至阖门传染。及一一询其病原，总不出先生论中所云，依方投之而即愈。夫乃益知先生之论为不刊，而此书之不可以不广布也已。爰亟付之枣梨，俾与长沙一编，双峙并行，庶几不负先生救世之苦心云。但余于医书亦无师授，间从读礼之暇，翻阅此论，其中稍稍有得者，不揣鄙陋，妄加点抹，未知不轩渠于当世之彗眼否也。

时甲戌秋杪 嘉善后学棘人张以增书

上卷 原病

温疫初起

传变不常

急证急攻

表里分传

热邪散漫

内壅不汗

下后脉浮

下后脉复沉

邪气复聚

下后身反热

下后脉反数

因证数攻

病愈结存

下格

注意逐邪勿拘结粪

蓄血

发黄

邪在胸膈

辨明伤寒时疫

发癍战汗合论

战汗

自汗

盗汗

狂汗

发癍

数下亡阴

解后宜养阴，忌投参术

用参宜忌，有前利后害之不同

下后间服缓剂

下后反痞

下后反呕

夺液无汗

补泻兼施

药烦

停药

虚烦似狂

神虚谵语

夺气不语

老少异治

妄投破气药论

妄投补剂论

妄投寒凉药论

大便

小便

前后虚实

脉厥

脉证不应

体厥

乘除

下卷杂气论

论气盛衰

论气所伤不同

蛔厥

呃逆

似表非表，似里非里

论食

论饮

损复

标本

行邪伏邪之别

应下诸证

应补诸证

论阴证世间罕有

论阳证似阴

舍病治药

舍病治弊

论轻疫误治每成痼疾

肢体浮肿

服寒剂反热

知一

四损不可正治

劳复、食复、自复

感冒兼疫

疟疾兼疫

温疟

疫痢兼疫

妇人时疫

小儿时疫

妊娠时疫

主客交

调理法

统论疫有九传治法