1.遵循阴阳五行，辨别脏腑经络
阴阳学说、五行学说是中医学理论的哲学基础，它们在《内经》、《难经》中被奉为经旨。窦汉卿在《标幽赋》中，依旧遵循《内》、《难》经旨，他把手足经脉分三阴三阳，并论述了手足三阴三阳的走行规律，如《标幽赋》中所说:“手足三阳，手走头而头走足；手足三阴，足走腹而胸走手。”至于“本形金也”、“短长水也”、“定刺象木”、“塞以象士”，都是五行理论的应用。
窦汉卿强调经络在针灸临床中的指导作用，指出:“不穷经络阴阳，多逢刺禁；既论脏腑虚实，须向经寻。”经络是经脉和络脉的总称，是运行全身气血、联系脏腑官窍、沟通上下内外的径路。凡属于五脏的经脉为阴经，分布于四肢内侧和胸腹；凡属于六腑的经脉为阳经，分布于四肢的外侧和头面、躯干。《灵枢·海论》说:“夫十二经脉者，内属于腑脏，外络于肢节。”又《灵枢·本藏》说:“经脉者，所以行血气而营阴阳，濡筋骨，利关节者也。”这些皆指出经络是一种运行气血、外络肢节、内属腑脏的通道，同时经络也是诊查和治疗疾病的基础。中医认为，疾病的发生，是机体阴阳失衡所致，因此，在治疗上必须调整阴阳的偏盛偏衰。通过脏腑、经络之间的密切联系，来发挥经络抗御邪气、保卫机体的作用，从而达到脏腑的不盛不衰。
该赋还论述了经脉的起止流注规律及六经气血多少理论。“原夫起自中焦，水初下漏，太阴为始，至厥阴而方终；穴出云门，抵期门而最后。”开篇便言简意赅地指明十一经脉从中焦出发，依次流注，各按其时，至足厥阴肝经而止。腧穴起自手太阴肺经云门穴，止于足厥阴肝经期门穴。其中关于手太阴肺经的首穴是中府穴还是云门穴，历代医家各抒己见，纷争不已。现代《针灸学》教材及针灸参考书皆定中府穴为手太阴肺经首，无论从其源流、经脉走行、腧穴分布及临床疗效，都比云门穴更具理论和临床意义。而“况夫阴阳，气血多少为最”，是讲六经气血多少理论。该理论首见于《内经》，是依据阴有余而阳不足、阳有余而阴不足的阴阳互根理论而来，近人以“手足阳明多气血，少气多血太阳厥，少阳少阴与太阴，都是气多而血少”简述之。
2.擅用特定穴位，主张按时取穴
腧穴的主治作用既有近治作用，即“腧穴所在，主治所在”；也有远治作用，即“经脉所过，主治所及”。《标幽赋》中的“泻络远针，头有病而脚上取”，便是腧穴远治作用的运用。窦氏擅用特定穴，其处方配穴，十分精当。以《标幽赋》为例，全文载症21类，用穴仅有35个，其中特定穴27个。窦氏强调治疗脏腑病，“而求门、海、俞、募之微”；治疗经络病，“而求原、别、交、会之道”。以奇经八脉的八会穴为“纪纲”，以十二经络的十二原穴为“枢要”。歌赋中的“阳跷、阳维并督脉，主肩背腰腿在表之病；阴跷、阴维、任、冲脉，去心腹胁肋在里之疑”，便是对临床取穴挈领性的规律总结。
“春夏瘦而刺浅，秋冬肥而刺深”，是从四时的角度论述针刺的浅深。《针灸大成》云:“病有沉浮，刺有浅深，各至其理，无过其道，过之则内伤，不及则外壅，壅则贼邪从之，浅深不得，反为大贼，内伤五脏，后生大病。”而“十干”、“十变”，指的是子午流注针法的运用。子午流注针法，是一种按时开穴的针刺方法，它以五输穴、原穴为基础，结合人体生理规律和时间医学理论，取其开穴针刺。它分为纳甲法和纳支法。“一日取六十六穴之法”，是纳甲法，它主要用于十二经脉分布肘膝以下的60个五输穴和六阳经的6个原穴，按一日中开某穴的方法进行针刺治疗；“一时取一十二经之原”，是纳支法，它是根据十二经脉气血的盛衰，分别配合十二时辰，在各经相应时辰取相应经脉的原穴进行治疗。
3.注重治神得气，推崇毫针刺法
治神是指医者在针刺过程中必须全神贯注、聚精会神，不可分心。《素问·宝命全形论》说:“凡刺之真，必先治神。”《灵枢·终始》又说:“专意一神，精气之分，毋闻人声，以收其精，必一其神，令志在针。”窦氏严格遵守《内经》旨意，在针刺过程中非常注重治“神”，他提出要“目无外视，手如握虎；心无内慕，如待贵人”。同时治“神”还要密切注意患者的精神状态，正如《标幽赋》中所说:“凡刺者，使本神朝而后入；既刺也，使本神定而气随。神不朝而勿刺，神已定而可施。”可见，治“神”在针刺中的重要性。
得气是指毫针刺入腧穴一定深度后，施以行针手法，在针刺部位获得的针刺感应。窦氏在强调治“神”的同时，还十分重视得气的有无，并认为得气是产生疗效的关键，提出“气速至而速效，气迟至而不治”。并生动形象地描述了气至则针有涩紧，似鱼吞钩，或浮或沉；气未至，则针自轻滑，如闲居静室之中，寂然无所闻。这些论述至今都有实用价值，并有效地指导着针刺的临床实践。
窦汉卿十分重视毫针刺法，在《标幽赋》开篇就说:“拯救之法，妙用者针。”窦氏一反两晋唐宋诸针灸典籍之重灸轻针现象，大力倡导针法，为明代针法的繁荣昌盛起到基石作用。“九针”一词，首见《内经》。窦氏重用三寸六分之毫针，是因“毫针最微”，“细桢于毫发”，不易损伤气血，且“同贯多歧”，是为首选。
4.把握整体观念，兼备针灸宜忌
整体观念是中医学理论体系的主要特点之一，是中医学关于人体自身的完整性及人与自然、社会环境的统一性的认识。整体观念认为，人体是一个由多个层次结构构成的有机整体。《标幽赋》中说:“天地人三才也，涌泉同漩玑、百会；上中下三部也，大包与天枢、地机。”此句即是整体观念的具体表现。天在上为阳，地在下为阴，人在中为和，结合人体头面则为天，下肢为地，躯干为人。十二经脉之气阳降阴升，阳经同阴经相接，如环无端，运行不息。
“且夫先令针耀，而虑针损，次藏口内，而欲针温。”此句明确提出，针刺前必须做好各种准备，以保证针刺的安全问题。并对空腹、恐怯以及对直立或采取不适当体位的患者，禁止贸然进针，应取相应的措施，以减轻疼痛，减少恐惧，防止晕针的发生。“色脉不顺而莫针，”是指形色和脉象不相符不可针刺，若针之则劳而无功，“反获罪也”。还有无针大寒、大热、大风、大阴雨、大饥、大饱、大醉、大劳，凡是属于此类，决不可行针刺之术，实为大忌。另外在时间补泻上，依据日月的光热强弱，提出午前卯后辰巳两个时辰用温补法.离左酉南未申两个时辰用凉泻法。“望不补而晦补泻，弦不夺而朔不济。”同时指出禁针的穴位22个，禁灸的穴位49个。这些至今仍为针灸临床的注意事项。
5.临床辨证施治，内科杂症为主
窦氏不仅针灸基础理论根基深厚，而且临证经验丰富，疗效显著。在治疗原则方面，吸取《内经》《难经》精华。《灵枢·经脉》说:“盛则泻之，虚则补之，热则疾之，寒则留之，陷下则灸之，不盛不虚以经取之。”在此基础上，窦氏认为“大抵疼痛实泻，痒麻虚补”。又《难经·六十八难》云:“井主心下满，荥主身热，输主体重结痛，经主喘咳寒热，合主逆气而泄。”而在《标幽赋》中，指出“体重节痛而俞居，心下痞满而井主”，皆是一脉相承。
窦氏在赋中列举了十余种内科疾病的针刺疗法，其中不乏有中风之重症，绝大部分部是依据“宁失其穴，勿失其经”的原则循经取穴，并以五输穴、原穴、络穴、郄穴为主。如虚弱劳损类的疾病用胃经的募穴“天枢”穴来治疗，心胸胀满用肝经的原穴“太冲”穴治疗等等。而在针灸医案中，引用先师用针，来说明针灸治病的神奇作用。如针刺“少阳与交别”，使“聋夫听夏蚋之声”，在此条基础上，如今治疗突发性耳聋也多取听会穴、阳池穴，疗效颇佳。至于“漏崩带下，温补使气血依归”，是用温针以补之，使营血卫气调和。“阴跷、阳维而下胎衣”，是指泻肾经的照海穴，补三焦经的外关穴，有下胎衣的作用，此与补大肠经的合谷穴，泻脾经的三阴交穴，有异曲同工之效。因为胎儿乃精血形成之物，妇人常多气少血，孕妇之血更当补而不当泻。今不补其血以滋养胎体，反而泻损精血，即易发生堕胎之弊。
除了上述五个方面以外，《标幽赋》还在四根三结、候气之法等方而有所叙述。但窦汉卿在赋中过于重视针法，而对灸法有忽略之嫌，这是他的不足之处。同时，由于他所处时代的局限性，有些学术观点值得讨论与商榷。如所论禁针禁灸穴位较多，可供临床参考。现代《针灸学》教材只明确四处:神阙穴禁针，睛明穴禁灸，长强穴不灸，乳中穴不针不灸。
