《喉科指掌》列述喉科病症七十三种，首次将咽喉科(包括口齿、舌等)疾病分门别类进行论述，目前咽喉科疾病的分类方法也以此为据。此书创立的框架、结构、文法、论调、插图等，也成为以后同类书的样板。全书分为六卷，卷一至卷二为总论，其中卷一阐述“咽喉大纲论”、“喉舌分经说”、“咽喉看治法总要”、“十六绝症”、“四绝症”等；卷二列出喉科“精选应用诸方”及制药方法；卷三至卷六为咽喉病症各论，分为咽喉门(11症)、乳蛾门(7症)、喉痹门(7症)、喉风门(12症)、喉痈门(11症)、大舌门(13症)、小舌门(5症)及杂喉门((7症)等八门，共列出73病症，每一病症均有图解和文字说明，对于学习咽喉病的诊断颇有裨益。其学术成就概述如下：
1、阐述喉科理论系统
《喉科指掌》在咽喉的解剖和生理方面提出了许多观点，如“夫咽喉者，左为咽，右为喉。咽属胃，喉属肺，乃一身之总要，百节之关防，呼吸出入之所也”。在致病因素方面，充分考虑到内因和外因，如“此内火外风之症。因喜食酸涩之物，肺气不清故也。”明确提出各种病名，使诸病不相混淆，并在每一病种之下详述病理特点及理法方药，形成较为完善的喉科理论体系。古代限于条件，对咽与喉或分或不分，本书所述大部分喉病，多属于咽部疾病，少数为喉部疾病。喉科七十三病症的分类，是作者的独创。
2、提出喉病诊断方法
在喉科疾病的诊断方面，该书中有许多有益的方法，提倡望闻问切四诊的结合，针对具体病灶形态，注重望诊，不废舌脉，逐个提出病名，使许多模糊的概念得以精确。如“劳碌喉风”和“肥寒喉风”，二者都以咽喉疼痛为主症，局部不红不肿，然而前者有因劳碌而发，多由肝肾两虚，治疗当参以滋补肝肾；后者却因肺卫受寒而致，治疗宜辛温宣肺。书中还记载了使用压舌板进行咽喉检查，这在中医著作中尚属首次。另外，对于咽喉脓肿切开的器械和手术方法，作者进行了详尽的记载：“或铜或金银，外打一小筒，中藏利刃，收放在手，捺出则锋露，收之则藏，不上别处矣”。这种喉科器械和手术方法是较为科学的。书中提出喉科“十六绝症”和“四绝症”。十六绝症为“舌卷囊缩、油汗如珠、哑喉呛食、吐血喉癣、声如锯错、鼻煽唇青、脉细身凉、角弓反张、十指无血、喉干无痰、六脉沉细、大便十日不通、天柱倒折、两目直视、壅痰气塞、喉菌不治。”等十六种临床表现；“四绝症”是“走马喉风、锁喉风、走马牙疳、缠喉风”等四种危重病症。张宗良说：“此四症皆凶险之症。若不吐、不泻、针之无血、药不能入，俱为不治，医者慎之!”这些都成为后世喉科医生鉴别危重病症的标准。
3、创制喉科有效方剂
书中创制或载录了多首现今仍广泛应用于临床的有效方剂。如六味汤、雄黄退肿消痰药、烂喉八仙散、通关散、十八味神药、灵保玉枢丹等。
六味汤是本书提出的治疗咽喉七十二症总方，由荆芥穗、防风、薄荷、僵蚕、桔梗、甘草等六味中药组成，其针对喉科疾病特色选药配伍，经过随症加减，可以治疗多种咽喉疾病，书中所载咽喉病症，大多以此为基础加减。如伏寒喉痹，以六味汤加细辛、麻黄、桂枝、苏叶、瓜蒌、诃子、牛蒡子；帘珠喉，以六味汤加山豆根、山桅、黄答、黄柏、知母、熟石膏、生地、玄参、木通;大红喉痹，以六味汤加山栀、木通、海浮石、生大黄、当归尾、皂角刺、穿山甲、紫河车、黄芩、天花粉、赤芍，等等。当然，其中有些加减变化较大，加减后的方剂主治病症已经和六味汤有很大差异。书中所及七十三症也并不是全部用六味汤加减治疗，如喉菌、喉瘤、走马牙疳等均不以六味汤主治，而是分别制定其他方剂。
“十八味神药”也是对后世影响较大的方剂。十八味神药由黄连、白鲜皮、黄芩、紫地丁、当归、赤芍、草河车、山栀、生龟板、木通、甘草、川芎、连翘、乳香、金银花、天花粉、皂角刺、贝母等组成，因其配伍有清热解毒、理气化痰、活血排脓等功能的药物，所以能治疗“一切烂喉毒症”。
本书在选药、煎煮、服用方法方面，也提出咽喉科特色：“凡诸药料，必须拣道地者预备，俱为细末，临期急用，将白滚水泡一刻，去渣，频漱咽下为度。如煎，不可多煎，数滚为准，多煎则不效矣。”
4、提倡内外治法结合
书中除了记载了大量内服方药之外，还特别重视喉科疾病的外治法，如咽喉吹药有多种，例如：“金不换吹药”，由人中白、细柏末、青黛、玄明粉、白硼砂、西瓜硝、冰片等研末配成，用于治疗火症痘疳、牙疮、喉间溃烂等症。“烂喉八仙散”，由人中白、生大黄、生石膏、玄参、黄芩、玄明粉、僵蚕、瓜硝、轻粉等研末配成，用于治疗咽喉溃烂。等等。本书还详细说明了西瓜硝等药的制药法。“觅上号头藤西瓜，或一个，或二个，用稻柴垫好，放在干燥厨内。至立冬日，将瓜盖挖去，腹中瓤取去七分，皮上肉剩三分，用皮硝二斤或斤半，看西瓜大小，盖好，用线络之，悬向背阴屋檐下，至冷冻之期，其硝自飞出瓜皮外，颜色如霜。用刷帚轻轻拂下，以盘盛之，包好，至三、五日一取。”书中还指出，其可治喉癣、喉疮诸火症，溃烂者吹之不痛。外皮飞出者名银粉雪，其功可并紫雪。此外还记载了针灸、排脓等方法，有利于疾病的痊愈，缩短了疗程，有些方法在危急重症时具有立竿见影效果。
