一、报名条件不同
根据52号令，师承3年需具有高中以上文化程度或者具有同等学力。而根据实施细则，选择5年需要在本省医疗机构连续跟师学习中医满五年，指导老师在广东省行政区域内执业；对某些病证的诊疗，方法独特、技术安全、疗效明显，经指导老师评议合格；由至少两名本省中医类别执业医师推荐，且专业相关，推荐医师不包括其指导老师。
即选择师承3年除需要高中以上文化程度或者具有同等学力以外，没有其他条件；而5年虽没有学历要求，但有地域限制、需要医术专长以及医师推荐。
二、导师要求不同
根据两份文件的要求，无论师承3年还是5年，导师都可以是有中医类别执业医师资格、从事中医临床15年及以上的中医类别副主任医师。
不同的是师承3年的导师还可以是从事民族医临床工作15年以上的民族医专业执业医师（民族医专业包含中医、民族医和中西医结合，其中，民族医又含蒙医、藏医、维医、傣医、朝医、壮医、哈萨克医等民族医专业）。这对于想要学习特色民族医又想出师快的朋友是个不错的选择，且导师不能同时带超过两名的师承人员，可以较好保证经验传承、临床学习的质量。
而师承5年的导师只能是中医类别执业医师，最多可以同时带教四名未出师人员，这能让学员在挑选导师时可以有更多的选择，选到心仪导师的几率更大。
三、考核方式不同
根据52号令，师承3年的考核方式综合笔试和临床实践技能考核。实施细则对师承5年的人员根据其使用的中医药技术方法分为内服方药和外治技术两类进行考核；以专家评议方式，通过现场陈述问答、回顾性中医医术实践资料评议、中医药技术方法操作等形式对实践技能和效果进行科学量化考核。
师承3年的考核重点是传统医学专业基础知识与基本技能，学术经验、技术专长继承情况；5年的考核更多的偏向实操。可以根据自身擅长的方向选择3年或5年。
四、证书及其作用
根据52号令，参加3年师承通过考核后获得《传统医学师承出师证书》。此后在医疗机构中试用期满1年并考核合格，可以申请参加执业助理医师资格考试。取得执业助理医师执业证书后，在医疗机构中从事传统医学医疗工作满5年，可以申请参加执业医师资格考试。
实施细则规定对师承5年并通过考核人员颁发《中医（专长）医师资格证书》，该原则上只允许在本省的医疗机构执业。凭此证书向其拟执业机构所在地县级以上卫生计生中医药主管部门申请注册可获得《中医（专长）医师执业证书》，通过即可在本省以个人开业的方式或者在医疗机构内从事中医医疗活动。
即：
如上，3年和5年获得的证书名称、取得执业资格的时间和执业范围都有所不同，报考时可衡量自身条件和参考自身需求。如想要出师时间快、执业范围广，可以从师承3年开始，但获得执业资格的周期较长；如本身已有医术专长或者只想学专长或以后只想从事一门专长，或者想要一出师就自己开诊所，那可以选择确有专长，但执业地域有限。
总而言之，在了解了政策对于3年和5年的要求不同以后，根据自己的实际情况选择合适自己的成才之路。
