1、《外科正宗》原刊为四卷，每卷为一门，每门下设症，各症独立成篇，每症先述病因病机，次明诊断预后，再言治法方药，方之下括以四言歌诀、主治证候、修制方法。全书共收录120余种常见外科疾病的病因病机、诊断证候和治法，载方407首，体例完备，条理清晰，图文并茂，切合临证实用。《外科正宗》以传统中医理论为指导，理论与实践相结合，富有创新性和启发性，具有鲜明的学术特点。
2、创新外治方法，排毒外出第一
陈实功在外科疾病手术、药物外治方面的成就最为突出。陈氏认为通过施行外治之法，使脓、恶血、腐肉得以去除，是宣泄毒气、减轻损害、防止邪气内伤正气的重要手段。主张使用腐蚀之药、药线、刀针、利剪等清除顽肉死肌，疏通脓管，促使毒邪排出体外。陈实功非常善于运用腐蚀药品。如疔疮走黄恶症用“立马回疔丹”插入疔疮溃口，即可追出脓血疔根。瘿瘤初起用“枯瘤方”敷之，其瘤自然枯落，并配合敛口药获愈。瘰疬、疔疮、发背、脑疽、痔疮等病用“三品一条枪”插入疮孔内，可使疔头、腐肉、管壁诸物自然排出。陈氏对腐蚀药的炼制使用方法进行了系统的总结，对后世运用腐蚀药影响很大，现代中医外科常用的化腐药大多是从陈氏使用的腐蚀药基础上精制而成。陈实功在外治方面尤精于手术疗法，他在自序中说：“余少日即研精此业，内主以活人心，而外悉诸刀圭之法。”临床上他擅长刀针手术治疗痈疽、疔疮、瘰疬、脱疽、痔瘘、肿瘤等症，这体现了他“排毒外出第一”的学术观点和“开户逐贼”的治疗宗旨。陈氏还进一步完善了传统针刺排脓法，对于疮肿已在十日之上，当化脓而不化脓，当溃而不溃，疮形坚硬，平坦漫肿，消托无效，正气不足，疮根深固，毒气难出者，主张在辨清证候的基础上，积极使用针刺排脓。通过针刺发泄，使毒气外出。
陈实功临证常综合运用多种外治方法，因症而施，绝不拘泥刻板。如他治疗发背脓毒不得外发、烦燥、毒邪可能内攻者，先用铍针法在疮顶一寸内品字放开三小孔，深约寸许，后以煮热药筒对疮上吸住，拔出脓血。陈氏还把开泄放毒与腐蚀药有机结合起来运用，提高临床疗效，防止出现变症。
此外，陈氏在外科方面还有截肢术、气管缝合术、挂线治痔疮术、火针术、铜丝套摘鼻息肉术等。其中许多治疗方法和治疗原则至今仍为现代临床外科所采用。
3、外症源于内伤，治疗谨遵三法
陈实功的外科学术成就，还在于他对外科疾病病因病机和内治重要性的深刻认识。陈氏认为外科疾病的发生，源于内伤七情、外感六淫、饮食失调、起居失宜伤及五脏，“五脏不和则六腑不通”，“九窍疲癃”，“留结为痈”。认为外科疾病“以痈疽言之为外科，以气血言之即内伤者”，治疗上，“痈疽虽属外科，用药即同内伤”，“以疮形言之，曰外科；治以气血言之即内伤”，因此“外科不可不兼明内科”。强调在治疗外科疾病时应内治与外治有机结合。
在内治方面，陈氏把痈疽分为阴阳两大类，按表里虚实寒热分治。根据邪正消长变化，遵从消、托、补三法。如其以消法治疗肿疡初起，毒气已聚，未成脓腐，邪正俱盛，表里俱实之证。若为疮疡初起，“身体发热，无汗恶寒”，邪毒在表之证，治以汗法，用荆防败毒散，使毒邪随汗而解。若为脉大身热，便燥口干之里实证，以四顺清凉饮或内疏黄连汤攻里泻毒。表里俱实者以防风通圣散发表攻里，以消疮毒。对于寒气乘虚入里，结聚经络骨肉，陈氏主张用温通经络、发汗散寒之法，治以五积散、万灵丹等。
陈氏临证强调治法对症，组方灵活，主张“药难执方，治在活法，贵在审详，不可偏执用其方。”用方施法一定要“在人之强弱，识病之内外，究病之浅深，察时之顺逆……因其病而用其方”。
4、重视脾胃功能，贯穿因机证治
陈实功非常重视外科疾病与脾胃功能的关系。他鲜明地提出“益疮全赖脾土，调理必须端详”的观点，认为患者的脾胃气血盛衰与外科疾患的治疗、预后、转归有着密切的关系，把重视脾胃的观点贯穿于各类外科病证的因机证治之中，对后世医家具有重要的指导作用。脾胃为后天之本，气机升降之枢，气血生化之源。脾胃功能直接影响患者正气盛衰，疮疡的治疗和转归，主张“外科尤以调理脾胃为要”，疮疡治疗过程中“首尾俱不可伤元气，脾胃尤为重要”，脾胃强则气血壮，脾胃弱则气血弱。临证一定要辨清脾胃虚实，斟酌立法组方。特别在酿脓期“忌用内消攻伐之药，以伤脾气”，防止导致“脓反难成”、“不能溃敛”的后果。陈氏在疾病调护方面，注意饮食的辅助作用，反对无依据的忌口，主张除“生冷伤脾，硬物难化，肥腻滑肠”者外，“但所喜者便可与之接补脾胃。”并创制和应用八仙糕、参术膏等食疗方。陈实功重视脾胃的思想及其临床实践具有很高的指导价值，充分体现了脾胃观在外科疾病防治中的重要作用。
5、论病立足整体，审证明辨阴阳
陈实功在医学理论方面突出强调了整体观念。病因方面，他认为外科疾病的发病原因主要与“七情干脏腑”、“六淫伤气血”和饮食起居失宜有关，这些致病因素影响脏腑气机，五脏不和，六腑不通，自内外发，留结为痈。他说“外之症则必根于其内”，“凡发痈疽者，未有不先伤五脏而后发之”，外科疾病是在致病因素影响气血、脏腑功能的基础上而发病的，脏腑气血的虚实直接影响外科疾病的病性、病位和预后。外科疾病的症状反映体内脏腑、气血、阴阳的病理变化，临证应当全面收集四诊信息，辨清整体功能状况，才能为治疗奠定坚实的基础。他坚决反对只辨外症、不明病机、妄施医药的行为。因此，他在实践中辨证以八纲为基础，综合运用脏腑辨证、经络辨证、病因辨证，抓住“阴阳虚实之委”，总结外科疾病的发生发展规律和辨证要点。在每个专篇中，先在总论部分讨论该病的病因、病机、证型、临床特征表现和预后。其次，专设“看法”一节详细列出该病不同阶段的特征表现和预后，论述十分细致。
